Federationens högsta organ är kongressen som sammanträder vart fjärde år. Mellan kongresserna leder styrelsen, som består av tretton personer, arbetet. Styrelsen väljer inom sig ett arbetsutskott på fyra personer. Federationen är indelat i följande sju sektioner:
- Sektionen för godstransporter på väg
- Sektionen för sjöfart och fiskeri
- Sektionen för civilflyg
- Sektionen för hamnarbete
- Sektionen för järnvägstransporter
- Sektionen för kollektiva persontransporter
- Sektionen för spedition och lager
Det dagliga arbetet som leds av styrelsen, sköts av ett sekretariat som har sitt säte i Stockholm.